Es el órgano superior encargado de establecer las políticas generales del CCA, se integra por doce miembros: once profesionales (siete de los cuales son designados, uno por cada país centroamericano y los otros cuatro a nivel regional, uno por cada sector:

1. Académico-estatal,

2. Académico-privado,

3. Gubernamental,

4. Profesional) y

5. Un (a) estudiante  destacado (a) (escogido (a)  por el propio Consejo a propuesta de las asociaciones estudiantiles). 

Las personas representantes del Consejo son designados por períodos de cuatros años, a excepción de la persona que representa al sector estudiantil quien ejerce el cargo durante dos años.  Se podrán renovar en forma alterna, pudiendo ser elegidos nuevamente.

Cada una de las personas titulares cuenta con una primera y segunda suplencia, quienes sólo podrán actuar en ausencia calificada de la o el titular.

Instancia de seguimiento que apoya al CCA y se encarga de velar por el cumplimiento del convenio que lo origina.

La Junta de Coordinación y Seguimiento está integrada por dos representantes de cada uno de los sectores que suscriben el Convenio, siendo estos:

•Consejo Superior Universitario Centroamericano

•Conjunto de universidades privadas participantes del Convenio o signatarias

•Coordinación Educativa y Cultural Centroamericana y

•Confederación de Entidades Profesionales Universitarias de Centroamérica.

Se reúne ordinariamente con el Consejo del CCA cada dos años.

Es el órgano que dentro del seno del CCA constituye un equipo de coordinación y gestión, conformado por una Presidencia, dos Vicepresidencias, primera y segunda y un puesto de Vocal, cargos que tendrán vigencia por un período de dos años, pudiendo ser reelectos.

Las personas que ocuparán cargos en la Junta Directiva serán electas con base en lo que estipula el Reglamento Interno del CCA.

Si después de la primera elección resultara un empate entre más de dos candidaturas, se procederá a realizar la votación entre las dos personas que tuvieron la mayoría de los votos.

La Fundación Pro Consejo Centroamericano de Acreditación de la Educación Superior es un órgano de apoyo a la labor administrativa que realiza el CCA y que fue inscrita en el Registro Nacional de Costa Rica el 4 de noviembre de 2004.

Órgano ejecutivo de apoyo directo al Consejo, está integrada por la persona que ocupa el cargo de Dirección Ejecutiva, quien la dirige, y el personal profesional y técnico que se requiera dentro de un marco de austeridad y eficiencia, pudiendo ser removidos de sus cargos por el Consejo siguiendo el debido proceso.

La Secretaría Técnica opera conforme a su Reglamento de Funcionamiento (el que será aprobado por el Consejo Centroamericano de Acreditación de la Educación Superior).

Es el órgano consultivo del Consejo, se integra con la representación de las universidades miembros del Consejo Superior Universitario Centroamericano, universidades privadas suscriptoras y adheridas al Convenio, los Ministros o Ministerios de Educación inscritos a nombre de la Coordinación Educativa y Cultural Centroamericana, la Confederación de Entidades Profesionales Universitarias de Centroamérica, tres estudiantes, las agencias de acreditación de educación superior que funcionen en la región, organismos reguladores de la educación superior de los países Centroamericanos, el sector empleador   de los graduados universitarios y de expertos invitados.

El Foro se reunirá ordinariamente cada tres años.

Comisión permanente del Consejo, integrada por cinco personas. El Consejo Superior es responsable de elegir a sus miembros cada dos años. Pudiendo ser reelectos.

Las comisiones especiales se establecen para cumplir funciones ad hoc. Pueden ser disueltas al término del cumplimiento de su función.

Los designados deberán tener conocimientos y experiencia que los habilite en el puesto de acuerdo con las características de cada comisión especial.

Profesional encargado de auditar la contabilidad y la gestión administrativa del CCA y su Secretaría Técnica.